このベイビーにおける作中の時間軸ですが、
時期的には零の軌跡終了後、碧の軌跡開始前、という設定にしてあります。

実際には「碧」の設定やシナリオに触れたりもしているので、
パラレル的位置付けと考えてもらったほうが無難かも知れませんね。
時間軸について