神子の復活による諸々の異変を解決した「霊夢」は、妖怪賢者「八雲紫」により回収され、スキマを通過し地上に帰還した。

ミッション終了から数ヵ月後、幻想郷の辺境に位置する神社「博麗神社」に搭載されていた対異変兵器（針とか札とか）の凍結作業を行うかたわら、霊夢は（年末年始の多忙さとか宴会とかのあおりで）一息も休憩せずに何かとたまっていた仕事をこなしていた。翌年、勝手に上がり込んでお茶を飲む魔理沙を残し宴会は終了された。

ふと空を見ると、形を変えることなく浮遊する黒い塊を観測。その後、いくつかの場所で少女たちゆかりの道具が暴走を始める。そして、草の根ネットワークによって大人しく暮らしていた妖怪「わかさぎ姫」がアジアのとある湖（というか霧の湖）に向けて降下。

本格的な破壊活動には至っていないものの、草の根妖怪ネットワークで結ばれた妖怪たちは自己防衛システムによって何者も寄せ付けず、言語による説得が不可能な状態。第一級非常態勢となりR-9D（魔理沙）やR-13A（咲夜）などの戦闘機が向かうがこの2機だけでは歯が立たず、いまだ暴走が止まらない「妖器『お祓い棒』」を持つ霊夢まで作戦へ駆りだされる事に・・・。


白蓮「ってこれ『R-TYPE DELTA』のストーリーを適当にもじっただけじゃないですかっ！　しかもアルバトロスじゃなくてシューティングスターになってますし……」
名前：聖白蓮
身体強化率326％

お姉ちゃん！

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